Im Landgericht Eggenfelden, was etwa dem früheren Landkreis Eggenfelden entsprach, bestand bis dahin nur die 1804 errichtete Apotheke in Eggenfelden. Der Kreis-Medizinalausschuß äußerte sich in seiner Stellungnahme sehr positiv zu diesem Gesuch. Das Landgericht Eggenfelden jedoch meldete am 20. August an die Regierung, „dass nach angestellten Untersuchungen kein Bedürfnis für eine Apotheke in Arnstorf bestünde. Auch hätten sich die Gemeindeverwaltung von Arnstorf und das Landgerichts-Physikat gegen die Bewilligung ausgesprochen, während die Gutsherrschaft und der Armenpflegschaftsrat von Arnstorf die Entscheidung der Regierung überließen. „Die 900 Einwohner seien größtenteils unbemittelt, der praktische Arzt Dr. Wulzinger müsste seine Hausapotheke aufgeben und könnte nicht mehr existieren, ebenso sei es mit den anderen im Umkreis lebenden Ärzten." Die Regierung ging jedoch auf diese Argumente nicht ein und erließ am 2. September 1839 eine Entschließung an das Landgericht Eggenfelden wodurch dem Pharmazeuten Maximilian Mann die Erlaubnis zur Errichtung einer selbständigen Apotheke am 8. Oktober 1839 in Arnstorf erteilt wurde. Das war also die Geburtsstunde der heutigen Loeffl‘schen Apotheke. Am 2. Mai 1859 legte er den Grundstein zum jetzigen Apothekenhaus, das er für damalige Verhältnisse sehr großzügig, solide und vorausschauend erbaute. Die Grundsteinurkunde wurde beim letzten Umbau 1988 von Theo Loeffl durch Zufall gefunden, ebenso Hinweise auf das vorangegangene Hafneranwesen. Max Mann war bald ein erfolgreicher und angesehener Bürger des Marktes Arnstorf, mehrere Jahre war er auch Arnstorfer „Marktsgemeinde-Vorstand", was dem heutigen Bürgermeister entspricht.
Im Jahre 1868 aber erkrankte Maximilian Mann und musste deshalb auf die Apothekenkonzession verzichten. 1870 ist er in Arnstorf gestorben.
Um die frei gewordene Apothekenkonzession bewarb sich Apotheker Franz von Hertlein aus Würzburg. Da er das Haus mit Apotheke bereits gekauft und sich kein weiterer Bewerber gemeldet hatte wurde ihm die persönliche Konzession für die Apotheke in Arnstorf am 24. Februar 1869 von der Königlichen Regierung von Niederbayern verliehen.
Von Hertlein führte die Apotheke 15 Jahre lang, dann bot sich für ihn die Gelegenheit die Hofapotheke in Tegernsee zu übernehmen. Deshalb verkauften er und seine Frau Emilie die Apotheke im Jahr 1883 an Isidor Löffl, den Ururgroßvater der jetzigen Inhaberin Stefanie Surner. Der Müllerssohn Isidor Löffl führte die Apotheke bis zu seinem Tod im Jahr 1920. Während seiner Wirkungszeit wurde die Apotheke an die gemeindliche Wasserleitung angeschlossen und 1915 gab es erstmals elektrisches Licht. Um Arzneimittel schneller beschaffen zu können, entschied man sich im Jahre 1904 die Apotheke mit einer „Telephon-Station“ auszurüsten. Dies war der erste Anschluss im Ort Arnstorf, nur das Schloß Mariakirchen hatte schon zuvor ein Telefon in der Marktgemeinde Arnstorf bekommen, weshalb die Apotheke die Telefonnummer 2 bekam.
Nach dem plötzlichen Tod von Isidor Löffl im Jahre 1920 wollte sein Sohn Isidor Löffl junior die Apotheke übernehmen, durfte aber zunächst nur als Verwalter und Angestellter in der Apotheke arbeiten. Erst ab 1938 konnte er die Apotheke leiten und musste nun die Arzneimittelversorgung der Bevölkerung in den schwierigen Kriegsjahren sicherstellen. Oft fuhr er mit dem Fahrrad zum Bahnhof nach Landau an der Isar, um wenigstens die dringendsten und notwendigsten Arzneimittel beschaffen zu können.
Als Isidor Löffl junior 1953 überraschend verstarb, trat sein Sohn Theodor Loeffl die Nachfolge an. Theodor Loeffl hatte sich nach einem abgeschlossenen Maschinenbau-Studium als Diplomingenieur doch noch dazu entschlossen, Pharmazie zu studieren. 1959 benannte er die Apotheke um in „Loeffl’sche Apotheke“ und veranlasste zusammen mit seiner Ehefrau Wally die ersten größeren Umbaumaßnahmen an der Fassade und in den Innenräumen. Bis zu seinem Tod im Jahre 2001 war Theodor Loeffl mit Leib und Seele Apotheker und immer im Dienste der Gesundheit seiner Mitmenschen. Im Jahre 1990 übergab Theodor Loeffl die Apotheke an seine Tochter Angelika Surner, die zusammen mit ihrem Mann Günter Surner auch die Johannis-Apotheke in Johanniskirchen betrieb.
Seit 2022 führt die Tochter Stefanie Surner nun in fünfter Familien-Generation beide Apotheken weiter.
